Atualmente a Unemat conta com três cursos de mestrados interinstitucionais em andamento sendo eles: Minter em Ciências da Computação ofertado em parceria com a Pontifícia Universidade Católica do Rio Grande do Sul (PUC/RS) no Campus de Barra do Bugres com (25 alunos matriculados), o mestrado em Ciências Sociais realizado em parceria com a Universidade Vale do Rio Sinos (Unisinos) no campus de Sinop com 30 alunos matriculados e o Mestrado interinstitucional em Engenharia da Produção realizado em parceria com a Universidade Federal de São Carlos (UFSCar) em Tangará da Serra com 25 alunos.
Além desses cursos a Unemat e a Universidade de São Paulo, campus Ribeirão Preto, já aprovaram na CAPES o minter em Enfermagem Fundamental que deve ter edital de abertura ainda este ano. O curso vai ser realizado em Cáceres.
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