Nos últimos anos a Unemat vem investindo maciçamente na pós-graduação, tanto que já conta com quatro mestrados institucionais aprovados pela CAPES (Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior) quando em 2005 não havia nenhum. Além disso, a Unemat aguarda a aprovação de mais um mestrado institucional que está sendo avaliado pela CAPES e cuja resposta deve ser divulgada ainda neste ano.
A preocupação com os investimentos na pós-graduação visa atender inclusive uma exigência do Conselho Estadual de Educação (CEE) para que a Unemat continue a ter status de universidade. Para isso, o conselho exigia que houvesse pelo menos três mestrados institucionais em funcionamento até 2009, meta esta que já foi ultrapassada.
No que tange a proposta de abertura de curso de doutorado institucional a Unemat integra a Rede BIONORTE, criada por decreto do presidente da República, Luiz Inácio Lula da Silva, que prevê a estruturação em rede das universidades que integram os estados da Amazônia Legal. Nesse caso, um projeto de doutorado em Ensino de Ciência e Matemática a ser ofertado em rede já foi apresentado na CAPES que está avaliando as condições para o funcionamento, e as universidades da REDE BIONORTE estão discutindo e estruturando um segundo doutorado na área de Biodiversidade e Biotecnologia.
A pró-reitoria de pesquisa e pós-graduação da Unemat, professora Carolina Joana da Silva, lembra que a meta da instituição para o próximo ano é consolidar os mestrados da instituição para que a Unemat tenha condições de projetar e apresentar um curso de doutorado institucional.
O reitor da Unemat, professor Taisir Mahmudo Karim, lembra que a Unemat é uma instituição que cresceu muito nos últimos anos. Hoje são mais de 70 cursos de graduação nas áreas de licenciatura e também em bacharelado, e que a meta agora é estruturar e investir na pós-graduação para garantir cada vez a qualidade no ensino, pesquisa e extensão em Mato Grosso.
Segundo ele, enquanto os mestrados institucionais estão sendo elaborados a Unemat vem trabalhando com outras instituições de renome nacional para a oferta de cursos de mestrados e doutorados interinstitucionais, os Minter e Dinter. “Essa é uma forma mais rápida de garantir a qualificação de pessoas em Mato Grosso e preparar nossos profissionais para que em um futuro próximo possamos estar abrindo cursos regulares de mestrado e doutorado”.
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