A documentação do período colonial mato-grossense é compreendida por manuscritos avulsos e códices ou livros de registros. Existem 46 códices ou livros de registros que tratam de assuntos variados e de diferentes instituições, com predomínio da secretaria de governo.

O trabalho de organização e arranjo já resultou na ampliação dos fundos, que são os órgãos que expediram os documentos. Anteriormente eram cinco: governadoria, fazenda, justiça, defesa e câmara, com novo arranjo o número triplicou. Há um grande esforço de agregar os manuscritos conforme suas proveniência. Documentos relacionados com os fortes militares Príncipe da Beira, Coimbra e Nossa Senhora da Conceição que antes estavam relacionados com o fundo de defesa, estão sendo separados e passarão a categoria de fundo arquivístico.

Outro procedimento da equipe é o de agregar a documentação produzida pela Expedição Filosófica de Alexandre Rodrigues Ferreira que vai constituir um dossiê pertencente ao fundo Secretaria de Governo. Nele também, o pesquisador poderá encontrar toda a série organizada referente aos processos de sesmarias, trabalho que  já concluído pela historiadora Vanda da Silva, da Gerência de Documentação Escritos do APMT.
 
A identificação dos manuscritos existente anteriormente será mantida nas capas ao lado da nova. O trabalho tem a professora doutora Nauk Maria de Jesus na coordenação geral e a chefe da Gerência de Documentos Escritos, Candelária Gomes, Vanda da Silva, Hilário Teruya e Yumiko Suzuki, na supervisão e conta com a colaboração de estagiários da Universidade Federal de Mato Grosso. O projeto conta com o apoio da Superintendência de Arquivo Público e da Secretaria de Estado de Administração do Estado de Mato Grosso.